Dịch vụ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư là vấn đề doanh nghiệp cần quan tâm trong quá trình triển khai dự án và kê khai thuế. Để xác định số thuế được hoàn, doanh nghiệp cần đối chiếu điều kiện áp dụng, số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết và các quy định liên quan đến tình trạng pháp lý của dự án.

Nhằm hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện thủ tục đúng quy định, Kế toán Navi cung cấp dịch vụ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư, hỗ trợ rà soát điều kiện hoàn thuế, kiểm tra hóa đơn và chứng từ, chuẩn bị hồ sơ và thực hiện các thủ tục liên quan. 

I. Dịch vụ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư tại Kế toán Navi

Trước khi triển khai, Navi rà soát hồ sơ pháp lý của dự án, tình hình góp vốn, phương pháp kê khai thuế GTGT, hóa đơn đầu vào và số thuế chưa được khấu trừ. Trên cơ sở đó, doanh nghiệp được xác định những nội dung cần bổ sung, điều chỉnh và số thuế dự kiến đủ điều kiện đề nghị hoàn.

➤ Chi phí dịch vụ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Mức phí dịch vụ tại Kế toán Navi được áp dụng như sau:

Mức phí trên là chi phí dịch vụ của Kế toán Navi áp dụng cho hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư. Phạm vi công việc, các yêu cầu phát sinh và chi phí liên quan khác cần được xác nhận cụ thể khi tiếp nhận hồ sơ.

➤ Kế toán Navi hỗ trợ các công việc

(-) Rà soát điều kiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư theo quy định hiện hành.

(-) Kiểm tra hồ sơ pháp lý dự án, tình hình góp vốn điều lệ và điều kiện kinh doanh đối với ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.

(-) Đối chiếu tờ khai thuế GTGT, hóa đơn, chứng từ thanh toán và sổ kế toán.

(-) Xác định số thuế GTGT đầu vào của dự án, thực hiện đối chiếu số thuế phải nộp từ hoạt động sản xuất, kinh doanh để xác định số thuế còn được đề nghị hoàn.

(-) Chuẩn bị hồ sơ, lập biểu mẫu và hỗ trợ doanh nghiệp nộp hồ sơ theo quy định.

(-) Theo dõi tiến độ xử lý, hỗ trợ giải trình và bổ sung tài liệu khi cơ quan thuế yêu cầu.

II. Điều kiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Căn cứ khoản 2 và khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, đã được sửa đổi, bổ sung, việc hoàn thuế đối với dự án đầu tư được xem xét khi cơ sở kinh doanh đáp ứng các điều kiện tương ứng.

1. Dự án đầu tư thuộc trường hợp được hoàn thuế

Đối tượng xem xét hoàn thuế bao gồm dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng theo pháp luật về đầu tư; dự án được chia thành nhiều giai đoạn hoặc hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp. Dự án tìm kiếm, thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư cũng thuộc trường hợp được quy định riêng tại khoản 2 Điều 15.

Doanh nghiệp cần xác định rõ phạm vi dự án, giai đoạn đầu tư, tài sản hình thành và các khoản thuế GTGT đầu vào phát sinh có liên quan. Khoản thuế mua vào phục vụ hoạt động kinh doanh thường xuyên không được tự động tính chung vào số thuế đề nghị hoàn của dự án.

2. Doanh nghiệp kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ

Theo điểm a khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT, cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế theo khoản 2 phải kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định; đồng thời có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.

Doanh nghiệp cần kiểm tra phương pháp tính thuế đang áp dụng, tính đầy đủ của hệ thống sổ sách và sự thống nhất giữa số liệu kế toán với tờ khai thuế. Đây là cơ sở để xác định khoản thuế đầu vào đủ điều kiện khấu trừ và đề nghị hoàn.

3. Số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên

Theo điểm a khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT, số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư phải được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp từ hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện, nếu có.

Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp thuộc trường hợp được xem xét hoàn thuế.

Do đó, số thuế GTGT đầu vào phát sinh riêng tại dự án chưa phải là căn cứ duy nhất để xác định số thuế đề nghị hoàn. Doanh nghiệp cần đối chiếu nghĩa vụ thuế của hoạt động sản xuất, kinh doanh hiện hữu để xác định số thuế còn lại sau bù trừ.

4. Đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Theo điểm b khoản 9 Điều 15, doanh nghiệp phải đáp ứng quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại khoản 2 Điều 14 và không thuộc trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 14 Luật Thuế GTGT.

Hóa đơn, chứng từ phải phản ánh giao dịch thực tế, phục vụ hoạt động đầu tư và đáp ứng các điều kiện khấu trừ tương ứng. Doanh nghiệp cần kiểm tra nội dung hóa đơn, thông tin người mua, giá trị hàng hóa, dịch vụ, số thuế GTGT, chứng từ thanh toán và hồ sơ chứng minh việc sử dụng hàng hóa, dịch vụ cho dự án.

Từ ngày 01/01/2026, điều kiện về việc người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với hóa đơn xuất cho doanh nghiệp đề nghị hoàn đã được bãi bỏ theo Luật số 149/2025/QH15 và Nghị định số 359/2025/NĐ-CP. Việc bãi bỏ điều kiện này không loại trừ các yêu cầu khác về hóa đơn, chứng từ và điều kiện khấu trừ thuế đầu vào.

5. Gửi hồ sơ trong thời hạn áp dụng

Theo điểm a khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT, nếu dự án đầu tư đã hoàn thành nhưng doanh nghiệp chưa thực hiện hoàn thuế đối với số thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư, hồ sơ hoàn thuế phải được nộp trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án, giai đoạn hoặc hạng mục đầu tư hoàn thành.

Ngày hoàn thành được xác định theo ngày phát sinh doanh thu của dự án hoặc giai đoạn, hạng mục đầu tư. Doanh thu trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính và doanh thu thanh lý nguyên vật liệu của dự án không được tính vào căn cứ xác định ngày hoàn thành theo quy định này.

III. Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Việc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư phải đáp ứng các điều kiện cụ thể theo quy định pháp luật. Điểm b khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT quy định các trường hợp không được hoàn thuế mà số thuế chưa được khấu trừ được kết chuyển theo quy định.

1. Doanh nghiệp chưa góp đủ vốn điều lệ

Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ đã đăng ký tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp không được hoàn thuế theo quy định.

Doanh nghiệp cần đối chiếu vốn điều lệ đã đăng ký với chứng từ góp vốn thực tế, sổ kế toán và hồ sơ pháp lý liên quan. Trường hợp số vốn góp chưa đáp ứng yêu cầu, doanh nghiệp cần xác định tình trạng góp vốn trước khi thực hiện thủ tục đề nghị hoàn thuế.

2. Dự án thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng yêu cầu

Dự án của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện có thể không được hoàn thuế nếu chưa đáp ứng điều kiện kinh doanh hoặc không bảo đảm duy trì các điều kiện trong quá trình hoạt động.

Luật có quy định ngoại lệ đối với một số dự án đang trong giai đoạn đầu tư mà pháp luật về đầu tư hoặc pháp luật chuyên ngành chưa yêu cầu phải có giấy phép, giấy chứng nhận, văn bản xác nhận hoặc chấp thuận kinh doanh có điều kiện; đồng thời có trường hợp không phải có giấy tờ kinh doanh có điều kiện theo quy định áp dụng.

3. Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản

Theo điểm b khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT, dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản và dự án đầu tư sản xuất sản phẩm là tài nguyên, khoáng sản khai thác đã chế biến thành sản phẩm khác thuộc trường hợp không được hoàn thuế, theo phạm vi quy định tại khoản 23 Điều 5 của Luật này.

Riêng dự án tìm kiếm, thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư được quy định tại điểm a khoản 2 Điều 15. Doanh nghiệp cần xác định đúng loại dự án và hoạt động đầu tư để áp dụng quy định tương ứng.

Đối với các trường hợp không được hoàn thuế nêu trên, số thuế GTGT chưa được khấu trừ được xử lý theo quy định về kết chuyển sang kỳ tiếp theo; doanh nghiệp không nên đưa khoản thuế này vào số đề nghị hoàn khi chưa đáp ứng điều kiện.

IV. Hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư 

Theo điểm b khoản 1 Điều 46 Thông tư 89/2026/TT-BTC, hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư gồm tờ khai thuế, phụ lục đề nghị hoàn thuế và các giấy tờ liên quan đến pháp lý dự án, công trình xây dựng, vốn góp hoặc việc giao quản lý dự án.

Tùy theo đặc điểm và tình trạng pháp lý của dự án, doanh nghiệp cần chuẩn bị sau:

➤ Hồ sơ khai thuế và đề nghị hoàn thuế

(-) Tờ khai thuế GTGT mẫu số 02/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư

(-) Phụ lục đề nghị hoàn thuế GTGT mẫu số 01-8/GTGT.

➤ Hồ sơ pháp lý của dự án đầu tư

Nộp bản sao một trong các giấy tờ phù hợp với trường hợp của dự án:

(-) Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư (nếu thuộc trường hợp phải thực hiện thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư).

(-) Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư (nếu thuộc trường hợp phải thực hiện thủ tục chấp thuận chủ trương đầu tư).

(-) Quyết định thành lập dự án đầu tư của chủ dự án (đối với trường hợp không phải thực hiện các thủ tục nêu trên theo quy định pháp luật về đầu tư).

➤ Giấy tờ liên quan đến công trình xây dựng (nếu có)

Đối với dự án có công trình xây dựng, cần chuẩn bị:

(-) Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyết định giao đất, quyết định cho thuê đất hoặc hợp đồng thuê đất.

(-) Bản sao Giấy phép xây dựng (đối với trường hợp pháp luật yêu cầu phải có giấy phép xây dựng).

Riêng dự án đầu tư xây dựng đường cao tốc theo phương thức đối tác công tư (PPP), loại hợp đồng xây dựng – kinh doanh – chuyển giao (BOT), nếu không có các giấy tờ về đất nêu trên thì có thể sử dụng biên bản bàn giao đất hoặc biên bản bàn giao mặt bằng của cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định.

➤ Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ

➤ Giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện (nếu thuộc trường hợp áp dụng)

Đối với dự án đầu tư thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện và đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy tờ trong giai đoạn đầu tư, cần nộp một trong các giấy tờ như:

(-) Bản sao Giấy phép kinh doanh;

(-) Giấy chứng nhận kinh doanh ngành, nghề có điều kiện;

(-) Văn bản xác nhận hoặc chấp thuận của cơ quan có thẩm quyền.

➤ Hồ sơ giao quản lý dự án (nếu có)

Trường hợp chủ đầu tư giao Ban quản lý dự án, chi nhánh hoặc tổ chức kinh tế mới thực hiện việc kê khai và đề nghị hoàn thuế, cần bổ sung các giấy tờ tương ứng:

(-) Giao Ban quản lý dự án: Quyết định thành lập Ban quản lý dự án, quy chế tổ chức và hoạt động, quyết định giao quản lý dự án.

(-) Giao chi nhánh: Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh, quyết định giao quản lý dự án.

(-) Giao tổ chức kinh tế mới: Quyết định giao quản lý dự án của chủ đầu tư cho tổ chức kinh tế mới.

Lưu ý: Các giấy tờ tại mục 2, 3, 4, 5 và 6 chỉ phải nộp trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu hoặc khi có thay đổi, bổ sung. Doanh nghiệp cần đối chiếu tình trạng thực tế của dự án để chuẩn bị đúng thành phần hồ sơ áp dụng cho mình.

V. Thủ tục hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Quy trình thực hiện cần bảo đảm số liệu kê khai, chứng từ và hồ sơ pháp lý thống nhất trước khi gửi cơ quan thuế.

Bước 1: Xác định điều kiện hoàn thuế

Doanh nghiệp xác định dự án thuộc trường hợp được hoàn thuế, phương pháp kê khai GTGT, tình hình góp vốn và điều kiện kinh doanh. Đồng thời, cần xác định dự án còn trong giai đoạn đầu tư hay đã hoàn thành để kiểm tra thời hạn nộp hồ sơ.

Bước 2: Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế

Sau khi xác định dự án đáp ứng điều kiện hoàn thuế, doanh nghiệp chuẩn bị đầy đủ hồ sơ. Các giấy tờ cần nộp phụ thuộc vào tình trạng pháp lý và đặc điểm thực tế của dự án.

Trước khi gửi, doanh nghiệp cần kiểm tra tính đầy đủ, thống nhất giữa tờ khai, phụ lục đề nghị hoàn thuế, hóa đơn, chứng từ kế toán và tài liệu liên quan để hạn chế sai sót hoặc phải bổ sung hồ sơ.

Bước 3: Gửi hồ sơ đến cơ quan thuế có thẩm quyền

Doanh nghiệp nộp hồ sơ theo phương thức được pháp luật và hệ thống tiếp nhận hồ sơ thuế áp dụng cho phép:

(-) Nộp hồ sơ điện tử: Lập hồ sơ, ký điện tử và gửi qua hệ thống giao dịch thuế điện tử hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN theo quy định.

(-) Nộp hồ sơ giấy: Thực hiện tại địa điểm tiếp nhận hoặc qua đường bưu chính nếu được áp dụng đối với thủ tục tương ứng.

Trước khi nộp, doanh nghiệp cần xác định đúng cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ và lưu lại thông tin xác nhận nộp hồ sơ để thuận tiện theo dõi.

Bước 4: Cơ quan thuế tiếp nhận và giải quyết hồ sơ

Cơ quan thuế tiếp nhận, phân loại và kiểm tra hồ sơ theo quy định. Đối với hồ sơ cần giải trình hoặc bổ sung thông tin, cơ quan thuế gửi thông báo cho doanh nghiệp. Theo Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế có trách nhiệm gửi văn bản giải trình, bổ sung trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo.

Hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định hiện hành. Vì vậy, thời gian giải quyết thực tế phụ thuộc vào kết quả kiểm tra, tình trạng hồ sơ và việc doanh nghiệp cung cấp đầy đủ tài liệu theo yêu cầu.

Bước 5: Nhận kết quả giải quyết hoàn thuế

Căn cứ Điều 52 Thông tư 89/2026/TT-BTC, cơ quan thuế gửi kết quả giải quyết qua hệ thống thông tin điện tử ngay trong ngày hoặc chậm nhất vào ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày ban hành quyết định hoặc thông báo.

Kết quả có thể bao gồm quyết định hoàn thuế, quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước hoặc thông báo về số thuế đề nghị hoàn không được hoàn, chưa đủ điều kiện hoàn thuế, tùy kết quả xử lý hồ sơ.

Doanh nghiệp cần theo dõi thông báo của cơ quan thuế và thực hiện các yêu cầu bổ sung, giải trình nếu phát sinh trong quá trình giải quyết.

VI. Lợi ích khi sử dụng dịch vụ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư tại Kế toán Navi

Sử dụng dịch vụ chuyên môn giúp doanh nghiệp có thêm nguồn lực để kiểm tra hồ sơ và xử lý các vấn đề phát sinh trong quá trình đề nghị hoàn thuế.

Kế toán Navi hỗ trợ doanh nghiệp:

(-) Rà soát điều kiện hoàn thuế và các trường hợp loại trừ theo quy định.

(-) Kiểm tra số liệu thuế đầu vào, chứng từ kế toán và tình hình kê khai thuế.

(-) Xác định khoản thuế đủ điều kiện đề nghị hoàn sau khi thực hiện bù trừ.

(-) Chuẩn bị hồ sơ, hỗ trợ nộp và theo dõi quá trình giải quyết.

(-) Hỗ trợ giải trình, bổ sung hồ sơ khi cơ quan thuế yêu cầu.

(-) Đối chiếu kết quả hoàn thuế và hướng dẫn xử lý số thuế còn được khấu trừ theo quy định.

Dịch vụ được triển khai dựa trên hồ sơ thực tế của từng doanh nghiệp. Việc sử dụng dịch vụ không thay thế thẩm quyền xem xét, quyết định hoàn thuế của cơ quan thuế.

VII. Câu hỏi thường gặp về hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

1. Số thuế GTGT đầu vào bao nhiêu thì được xem xét hoàn?

Theo khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT, sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện nếu có, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết phải từ 300 triệu đồng trở lên để thuộc trường hợp được xem xét hoàn thuế, đồng thời đáp ứng các điều kiện khác.

2. Dự án đã hoàn thành có còn được đề nghị hoàn thuế không?

Có thể được xem xét nếu đáp ứng điều kiện pháp luật. Theo khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT, hồ sơ đối với số thuế phát sinh trong giai đoạn đầu tư chưa được hoàn phải được nộp trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án, giai đoạn hoặc hạng mục đầu tư hoàn thành.

3. Dự án chưa góp đủ vốn điều lệ có được hoàn thuế không?

Dự án của cơ sở kinh doanh chưa góp đủ số vốn điều lệ đã đăng ký tại thời điểm nộp hồ sơ thuộc trường hợp không được hoàn thuế theo điểm b khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT. Số thuế chưa được khấu trừ được xử lý theo quy định về kết chuyển sang kỳ tiếp theo.

Xem thêm:

► Điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng

► Dịch vụ hoàn thuế GTGT tại TP.HCM

► Dịch vụ hoàn thuế GTGT trọn gói giá rẻ

Nếu bạn có nhu cầu sử dụng dịch vụ kế toán trọn gói (báo cáo thuế) của Kế toán Navi hãy gọi ngay:

0968.153.486

Hoặc bạn có thể Follow Facebook Kế toán NAVI của chúng tôi để được cập nhật các thông báo về thông tư, nghị định và luật doanh nghiệp mới nhất.